Очень часто заболевание практически невозможно выявить на самых ранних стадиях его возникновения, так как зрительные функции почти не изменены. Наиболее ранний признак кератоконуса, не остающийся незамеченным опытными специалистами, — сложность в достижении у пациента максимальной остроты зрения даже в случае идеально подобранных очков.
Среди прочих симптомов, подтверждающих наличие заболевания, можно выделить: истончение роговичной стромы, отложения в базальном слое роговичного эпителия гемосидерина (кольцо Флейшера), а также перфорация боуменовой мембраны. Эти признаки легко выявляются при осмотре с применением щелевой лампы. В диагностике кератоконуса также применяют специальные устройства: кератотопограф, аберрометр, оптический когерентный томограф. С их помощью выявляются признаки аномальной формы роговицы.